Vaisalan uusi organisaatio astui voimaan vuoden 2009 alusta. Uusi matriisiorganisaatio koostuu kolmesta liiketoiminta-alueesta ja niiden kymmenestä liiketoimintayksiköstä sekä konserninlaajuisista toiminnoista.

Meteorology, Controlled Environment ja Weather Critical Operations -liiketoiminta-alueet liiketoimintayksikköineen johtavat, kasvattavat ja kehittävät omia liiketoimintojaan Vaisalan strategian mukaisesti. Liiketoiminta-alueilla on myös tulosvastuu. Konserninlaajuiset toiminnot, tuotekehitys ja -hallinto, operationaaliset toiminnot, palvelut ja tukitoiminnot  tukevat liiketoimintojen tavoitteita tarjoamalla resursseja ja osaamista niiden käyttöön.