Vaisala-konsernissa on neljä liiketoiminta-aluetta: Vaisala Measurement Systems, Vaisala Solutions, Vaisala Instruments ja Vaisala Services.
Vaisala Solutions ja Vaisala Measurement Systems -liiketoiminta-alueet tarjoavat säähavaintoihin käytettäviä järjestelmiä ja ratkaisuja asiakkaiden päivittäisen toiminnan tueksi. Vaisala Instruments on erikoistunut teollisuuden ja ympäristön mittaustarpeisiin. Vuoden 2008 alusta toimintansa aloitti Vaisala Services, joka kehittää ja markkinoi palveluja kaikkien Vaisalan asiakasryhmien tarpeisiin. Myös Vaisalan operatiiviset toiminnot keskitettiin yhteen Operations-yksikköön, joka aloitti toimintansa vuoden 2008 alusta. Vaisalan myyntiorganisaatio on ryhmitelty asiakassegmenttien mukaan seitsemään tiimiin.
Vaisalan strategiauudistus saatiin valmiiksi vuonna 2008. Uuden markkinalähtöisen strategiansa avulla yhtiö pystyy palvelemaan asiakkaitaan entistä paremmin. Myös organisaatio muokattiin tukemaan uutta strategiaa. Uudet liiketoiminta-alueet ovat: Meteorology, Weather Critical Operations and Controlled Environment. Liiketoiminta-alueet kehittävät omat, konsernin tavoitteiden ja arvojen mukaiset strategiansa, joiden avulla Vaisalan asema markkinoilla kasvaa ja vahvistuu. Saavuttaakseen synergiaetuja ja hyödyntääkseen yhteisiä teknologia-alustoja Vaisala yhdisti myös tuotekehitys- ja tuotehallintatoiminnot yhteen konserninlaajuiseen Products and Technology -yksikköön. Kaikki muutokset astuivat voimaan vuoden 2009 alusta.